En abril de 1561, el entonces virrey del Perú, Diego López de Zúñiga, conde de Nieva y marqués de Aguasclaras, solicitó autorización a la corona para establecer una casa de moneda, indicando las razones que justificaban su pedido ya que era necesario ordenar la caótica y variada emisión de moneda que se había generalizado lo que amenazaba seriamente la estabilidad política y económica del recién establecido virreinato.
La autorización de apertura se dio por el monarca Felipe II, conocido como el "rey prudente", el 21 de agosto de 1565 que ordenaba en Lima la amonedación en plata. Los trabajos se iniciaron durante el mandato del licenciado Lope García de Castro como gobernador del virreinato del Perú, haciendo uso de un local en las "Cajas Reales", ubicado en lo que hoy en día es Palacio de Gobierno. La ceca suspendió sus trabajos casi de inmediato.
Ante la escasez de moneda y por iniciativa propia aún sin contar con la respectiva licencia del rey, el virrey Luis Enriquez de Guzmán, reabrió sus puertas el 11 de diciembre de 1568 y así la conservó hasta abril de 1660 fabricando monedas de 1/4, 1/2, 1, 2, 4 y 8 reales y 8 escudos; estas monedas son conocidas con el nombre de "Estrella de Lima". La reapertura de la ceca limeña había sido solicitada a la corona por el anterior virrey don Pedro de Toledo y Leyva, pedido que mereció un "no ha lugar".
Pese a este antecedente, el virrey Alba de Liste restableció el funcionamiento de la casa y al parecer contó con el respaldo del comercio consular y del cabildo limeño pues el mercado adolecía de una aguda falta de monedas acuñadas, como consecuencia de dos hechos: la orden del 30 de abril de 1657, que retiró el curso forzoso de las monedas falsas acuñadas en Bolivia y conocidas como "rochunas" y la voluntad del público de ocultar las antiguas monedas de plata del tipo columnaria por considerar que el valor del metal era mayor al de cambio. Desde aquellos años iniciales, la ceca limeña se ubica en el mismo local, en la esquina de las calles Moneda y Molino Quebrado, hoy jirones Junín y Paruro.
