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Para cumplir su tarea, el Tribunal Mayor de Cuentas tuvo que enfrentar serios obstáculos: el afán de privilegios por parte de sus funcionarios, la amplitud del territorio a fiscalizar, la limitación de las comunicaciones el exceso y malas condiciones de trabajo, la escasez de personal y los conflictos jurisdiccionales.
A pesar de que los distintos virreyes incrementaron el personal que trabajaba en el Tribunal Mayor de Cuentas, la revisión de las cuentas tenía años de atraso, situación que empeoró al decretarse en 1640 la venta de oficios de Hacienda y Justicia, en vista de la grave crisis económica por la que atravesaba la Corona Española. Las exigencias fueron muchas, al punto de llegarse a vender el cargo de contador de cuentas a Juan de Medina Ávila, quien no sabía escribir ni contar.
El Tribunal Mayor de Cuentas funcionó al comienzo en dos salas del Palacio de los Virreyes, actual Palacio de Gobierno, las que fueron destruidas por los terremotos de 1687 y 1746. Debido al importante papel de la Casa de la Moneda de Lima dentro de la economía colonial, el Virrey José Manso de Velasco, dio prioridad a la construcción de un nuevo local para esta institución. La construcción del nuevo edificio ubicado entre las plazas de la Inquisición y Santa Ana, en lo que es hoy el jirón Junín, concluyó a mediados de 1760. La edificación fue dividida en dos la mayor parte fue asignada a la Casa Nacional de Moneda de Lima y lo restante al Tribunal Mayor de Cuentas. Una de las razones para que estas dos instituciones estuvieran reunidas en un solo local, fue la labor de vigilancia que debía ejercer el Tribunal Mayor de Cuentas sobre los trabajos realizados en la ceca limeña.
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