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Al interior del nuevo edificio del Tribunal Mayor de Cuentas quedaron delimitadas las áreas para las diferentes oficinas (regente, contadores, ordenadores, escribano, alguacil, etc.) y, sobre todo, para la innumerable documentación existente en el archivo. Al inmueble se ingresa por un gran portón que da a un patio central. Al lado derecho existe un corredor que comunica con el patio principal de la Casa Nacional de Moneda. Arquitectónicamente hablando, el ambiente destinado a la sala de sesiones del Tribunal Mayor de Cuentas es él más importante. En su techo, moldurado en madera, se aprecian pinturas con motivos florales. Este local fue saqueado e incendiado en 1823 por las tropas españolas que ocuparon la ciudad de Lima.

Debido a la inestabilidad política y las exigencias económicas, el Tribunal Mayor de Cuentas fue reemplazado por la Contaduría Mayor Provisional en 1824 v por la Contaduría General de Valores en 1826. En vista del escaso éxito obtenido en las tareas encomendadas, el Tribunal fue restablecido en 1848 durante el gobierno de Agustín Gamarra. Los primeros indicios de la desaparición del Tribunal Mayor de Cuentas se dan con la creación de la Dirección General de Hacienda en 1848 y la Procuraduría General de la República en 1904, instituciones que recortaron atribuciones propias del Tribunal.

Los últimos intentos de reglamentación dados en 1866, 1876 y 1895, no lograron adecuar la organización del Tribunal Mayor de Cuentas al desarrollo, de la administración pública y las nuevas exigencias económicas. El gobierno de Fernando Belaúnde Terry, por Ley del 1 de marzo de 1964, dispuso que el Tribunal Mayor de Cuentas pasara a formar parte de la Contraloría General de la República.

Desde 1943 la administración de la Casa Nacional de Moneda (incluyendo la sección que albergaba al Tribunal Mayor de Cuentas) fue asumida por el Banco Central de Reserva. Por la importancia del conjunto arquitectónico, en 1972 fue declarado Patrimonio Cultural inmueble de la Nación, por Resolución Suprema N° 2900-72-ED.

El Banco Central de Reserva del Perú, consciente de la importancia histórica del Tribunal Mayor de Cuentas y de la necesidad de preservar nuestro patrimonio cultural, inició el 6 de octubre de 1997 la difícil tarea de restaurar la sección que albergó a dicha institución, rescatando para las actuales y futuras generaciones esta valiosa herencia cultural, que contribuye a afirmar nuestra identidad nacional.